scatac-seq 开源项目推荐（77 个）

zhanghao-njmu /SCP

端到端单细胞管道，旨在促进单细胞数据的全面分析和探索。

liulab-dfci /MAESTRO

单细胞转录组与调控组分析流程

scverse /muon

muon 是一个多模态组学 Python 框架

sanderlab /scPerturb

scPerturb：面向单细胞扰动数据的资源和 Python/R 工具

pinellolab /STREAM

STREAM：单细胞数据的轨迹重建、探索与映射

sankaranlab /SCAVENGE

SCAVENGE 是一种在单细胞分辨率下优化特定细胞功能与遗传关联推断的方法。

alexisvdb /singleCellHaystack

在“草堆”（单细胞转录组数据）中寻找令人惊喜的“针”（基因）。

aertslab /CREsted

CREsted 是一个 Python 包，用于在 scATAC-seq 数据上训练基于序列的深度学习模型、捕获增强子密码并设计细胞类型特异性序列。

genecell /COSGR

使用 COSG 准确快速地识别细胞标记基因

shiquan /PISA

一套用于处理单细胞组学数据集的工具集。

wukevin /babel

用于从单一输入模态推断单细胞多组学图谱的深度学习模型。

HaojiaWu /CellScopes.jl

用于单细胞和空间数据分析的 Julia 包

swaruplabUCI /ArchRtoSignac

一个 R 包，用于将 ArchRProject（ArchR）对象转换为 Signac SeuratObject（Signac）对象

pinellolab /pychromVAR

用于 chromVAR 的 Python 包

aertslab /single_cell_toolkit

用于校正多种 scATAC-seq 技术的单细胞条形码，以及创建片段文件并按簇拆分 BAM 文件的工具。

jumphone /BEER

BEER：单细胞数据的批次效应去除工具

caleblareau /mtscATACpaper_reproducibility

用于复现 Lareau*、Ludwig* 等人 2020 年全部分析的代码仓库

Ekin-Kahraman /rustscenic

用于研究单细胞数据中基因调控的最简单、最快速的软件。核心 SCENIC 和 SCENIC+ 已用 Rust 重写，并提供 Python API。与 Mount Sinai 的 Huang Lab 共同构建和扩展。

mvinyard /ArchR-h5ad

将 ArchR arrow 文件解析为 anndata h5ad

huishenlab /compartmap

从 scRNA-seq 和 scATAC-seq 重建高阶染色质结构