diffusion-mri 开源项目推荐（196 个）

dipy /dipy

DIPY 是 Python 中典范的 3D/4D+ 医学影像库。包含空间归一化、信号处理、机器学习、统计分析和医学图像可视化的通用方法。此外，还包含计算解剖学的专业方法，包括扩散、灌流和结构成像。

JuliaHealth /KomaMRI.jl

Koma 是一个 GPU 加速、兼容 Pulseq 的框架，用于模拟磁共振成像（MRI）采集。该软件包的主要重点是模拟脉冲序列开发过程中遇到的广泛场景。

PennLINC /qsiprep

扩散 MRI 预处理

StanfordMIMI /DDM2

[ICLR2023] DDM2 的官方仓库：使用生成扩散模型进行自监督扩散 MRI 去噪

AthenaEPI /dmipy

用于可重复扩散 MRI 微观结构估计的开源工具箱

MICA-MNI /micapipe

来自蒙特利尔神经学研究所多模态成像与连接组分析实验室（http://mica-mni.github.io）的 micapipe。请参阅下方 Read The Docs 文档

MIC-DKFZ /MITK-Diffusion

MITK Diffusion - 医学影像交互工具包的官方组成部分

MASILab /Synb0-DISCO

无需反向相位编码扫描或场图的扩散加权 MRI 失真校正

SlicerDMRI /SlicerDMRI

在 3D Slicer 开源医学影像平台中进行扩散 MRI 分析和可视化。

SlicerDMRI /whitematteranalysis

白质纤维束追踪聚类等……

nipreps /dmriprep

dMRIPrep 是一个稳健且易用的流水线，用于预处理多样化的 dMRI 数据。透明的工作流程无需人工干预，从而确保结果的可重复性。

bids-apps /MRtrix3_connectome

使用 MRtrix3 软件包从原始 BIDS 数据生成受试者连接组，并执行受试者间连接密度归一化。

brain-life /encode

将大脑连接组编码为多维数组（张量）的方法。

jonhrafe /MCDC_Simulator_public

Monte Carlo Diffusion and Collision simulator (MC/DC) 是一个 C++ 开源扩散加权磁共振成像（DW-MRI）蒙特卡洛模拟器。

francopestilli /life

请使用新版 LiFE：www.github.com/brain-life/encode

delucaal /MRIToolkit

该项目在 GitHub 上没有填写描述

FouierL /Di-Fusion

[ICLR 2025] 论文《Self-Supervised Diffusion MRI Denoising via Iterative and Stable Refinement》的官方代码

muscbridge /PyDKE

一个免手动操作的 DTI、DKI、FBI 和 FBWM 预处理流水线。算法和预处理步骤信息见 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.10.20.465189v1；PyDesigner 及其用法的视频教程现见 https://www.youtube.com/watch?v=mChQFuQqX3k

KeWang0622 /MRFoundry

面向编码代理的 MRI 研究指南——可组合技能、成熟工具和关联证据的研究记忆。安装：npx skills add KeWang0622/MRFoundry

kerkelae /disimpy

用 Python 编写的大规模并行蒙特卡洛扩散 MR 模拟器。