MIT License

项目介绍

telatin/bamtocov 是一个托管在 GitHub 上的开源项目,主要使用 Nim 编写,采用 MIT License 许可证,目前获得 67 个 Star、6 次 Fork。

仓库全名
telatin/bamtocov
开源许可证
MIT License
Star 数
67
Fork 数
6
未关闭 Issue
1

README 摘要

bamtocov Tools to extract coverage informations from BAM (and CRAM) files, based on the covtobed algorithm that supports stranded coverage and physical coverage, input from streams and uses a memory-efficient algorithm. :book: Documentation Full documentation is available online at the :book: dedicated website, or in this repository under docs. Installation The BamToCov package is available from :package: BioConda…

完整内容见 GitHub 原始 README 或本页 。

常见问题

bamtocov 用什么语言开发?

主要使用 Nim 编写,采用 MIT License 许可证,目前有 67 个 Star。

bamtocov 可以免费商用吗?

仓库采用 MIT License 许可证,可免费使用与修改,商业使用请遵守许可证条款(例如保留版权声明与许可声明)。

如何获取 bamtocov 的源码?

可以直接克隆仓库:git clone https://github.com/telatin/bamtocov.git,默认分支为 main;安装与运行步骤见仓库 README。

bamtocov 最近还在维护吗?

仓库最近一次更新为 3 周前,当前有 1 个未关闭 Issue;Star 数为 67,可作为社区活跃度的参考。

关于

GitHub 原始描述(英文)

🏔 coverage extraction from BAM/CRAM files, supporting targets 📊

描述取自 GitHub 官方 API,保持仓库作者书写的原文。

简要分析

热度分
83
价值分
42
活跃状态
活跃

语言占比

Dockerfile
Makefile
Nim
Perl
Python
Shell

Release

贡献者

README

bamtocov

Build Bamtocov Downloads Platforms Paper

bamtocov logo

Tools to extract coverage informations from BAM (and CRAM) files, based on the covtobed algorithm that supports stranded coverage and physical coverage, input from streams and uses a memory-efficient algorithm.

:book: Documentation

Full documentation is available online at the :book: dedicated website, or in this repository under docs.

Installation

The BamToCov package is available from :package: BioConda

conda install -y -c bioconda bamtocov

Benchmarks

Bamtocov has the smallest memory footprint of any other coverage tool, while maintaining reasonable speeds

See also

Initially we also used Lapper, and I recommend checking out this library for fast interval operations.

Cite

Giovanni Birolo, Andrea Telatin, BamToCov: an efficient toolkit for sequence coverage calculations, Bioinformatics, 2022

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