pirovc/ganon：2 能高效地将基因组序列与大型参考集进行分类，集成了数据库下

项目介绍

pirovc/ganon 是一个托管在 GitHub 上的开源项目，主要使用 Python 编写，采用 MIT License 许可证，目前获得 109 个 Star、14 次 Fork。

仓库全名: pirovc/ganon

README 摘要

ganon2 ganon2 index large sets of genomic reference sequences efficiently and quickly classify sequence fragments to their closest matching reference, providing taxonomic or sequence abundance estimations. Find out more information in the user manual: https://pirovc.github.io/ganon/ Quick install and usage For further examples, database build guides, installation from source and more: https://pirovc.github.io/ganon/

完整内容见 GitHub 原始 README 或本页。

常见问题

ganon 用什么语言开发？

主要使用 Python 编写，采用 MIT License 许可证，目前有 109 个 Star。

ganon 可以免费商用吗？

如何获取 ganon 的源码？

可以直接克隆仓库：git clone https://github.com/pirovc/ganon.git，默认分支为 main；安装与运行步骤见仓库 README。

ganon 最近还在维护吗？

仓库最近一次更新为 1 天前，当前有 3 个未关闭 Issue；Star 数为 109，可作为社区活跃度的参考。

关于

GitHub 原始描述（英文）

ganon2 classifies genomic sequences against large sets of references efficiently, with integrated download and update of databases (refseq/genbank), taxonomic profiling (ncbi/gtdb), binning and hierarchical classification, customized reporting and more

bioinformatics bloom-filter genbank gtdb k-mer metagenomics microbiome minimizers ncbi refseq taxonomy

MIT License
109 Stars
14 Forks
4 Watching

描述取自 GitHub 官方 API，保持仓库作者书写的原文。

简要分析

热度分

141

价值分

活跃状态

活跃

GitHub

语言占比

C++

CMake

Python

Shell

Release

ganon v2.4.410月6日
ganon v2.4.39月16日
ganon v2.4.26月12日
ganon v2.4.14月23日
ganon v2.4.04月10日

贡献者

pirovc

benvenutti

ganon2

ganon2 index large sets of genomic reference sequences efficiently and quickly classify sequence fragments to their closest matching reference, providing taxonomic or sequence abundance estimations.

Find out more information in the user manual: https://pirovc.github.io/ganon/

Quick install and usage

# Install
conda install -c conda-forge -c bioconda ganon
# Download and Build (Bacteria - complete genomes - NCBI RefSeq)
ganon build --db-prefix bac_cg_rs --source refseq --organism-group bacteria --complete-genomes --threads 24 --download-threads 12
# Classify
ganon classify --db-prefix bac_cg_rs --output-prefix classify_results --paired-reads my_reads.1.fq.gz my_reads.2.fq.gz --threads 24

For further examples, database build guides, installation from source and more: https://pirovc.github.io/ganon/

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